Plötzlich wird Sam gnadenlos von eben der Regierung gejagt, der er einst gedient hatte und seine Freunde und Kollegen, die er einst kannte, könnten die Köpfe hinter dem Komplott sein. Außerhalb von Third Echelon zu arbeiten, versetzt Sam in die unangenehme Lage, seine überlebenswichtigen Hilfsmittel nun über diverse Quellen (also dem Schwarzmarkt im Untergrund) zu beziehen. Er muss gleichzeitig lernen, die Welt um ihn herum zu seinem Vorteil auszunutzen. Waren Licht und Schatten die Schlüsselelemente des ursprünglichen Splinter Cells, treiben Schleich-Action und Improvisation nun Tom Clancy's Splinter Cell Conviction voran, um den Spieler mit aufregenden Verfolgungsjagden, Nahkämpfen, packenden Schusswechseln und dynamisch agierenden Menschenmassen in einen wahren Adrenalinrausch zu versetzen...

Durch eine Untersuchung zum Tod seiner Tochter erfährt der Ex-Agent Sam Fisher, dass sein ehemaliger Arbeitgeber, Third Echelon, ihn verraten hat. Als abtrünniger Agent beginnt für Fisher nun ein Wettlauf gegen die Zeit, in dem er die üblen Pläne einer Terrororganisation vereiteln will, die Millionen von Menschen bedrohen.